민자로 건설되고 운영되고 있는 서울지하철 9호선 1단계 구간의 경우 사업권을 가진 시행사가 별도의 운영사를 두고, 다시 운영사는 별도의 유지보수사를 두는 다단계 운영 구조로 되어 있어 결국 비용이 더 드는 구조이다. 이러한 고비용 구조에 대해 시행사의 직접 운영방안이 검토된다. 

현재 9호선 1단계 구간은 서울시와 시행사인 서울시메트로9호선(주) 간 실시협약, 시행사와 운영사인 서울9호선운영(주) 간 관리운영위탁계약, 운영사와 유지보수사인 메인트란스 간 유지보수계약을 통한 다단계 운영구조로 되어있다. 

이러한 다단계 운영구조를 통해 운영사는 2009년 7월부터 2017년까지 출자사(프랑스 출자사 80%, 현대로템 20%)에게 약 295억원의 배당을 실시하고, 시행사에 경영자문수수료 약 72억원, 이행보증수수료 약 34억원을 지급한데 반해, 한정된 인력으로 급증하는 이용자와 증가하는 차량을 관리하도록 하는 등 사고 위험이 커지고 있는 상황이다.

실제로 서울9호선운영노조는 현재의 프랑스자본 운영사와의 계약해지를 통해 운영사 및 유지보수사의 다단계 구조를 없애고 이를 통한 절감비용으로 안전운행을 위한 인력충원 등 경영여건 개선을 요구하고 있다. 

이러한 가운데 서울시의회 서울교통공사 행정사무감사에서 경만선 시의원(더불어민주당, 강서3)은 서울시메트로9호선(주) 최용식 대표이사를 상대로 한 질의를 통해서 “현재 서울9호선운영은 출자사와 회사의 이익극대화에만 관심을 둘 뿐 직원들의 근무여건은 지속적으로 악화되고 있어 언제든 큰 사고가 발생할 수 있는 상황이므로 시행사가 직접 운영하는 방안을 포함해 합리적인 대책을 마련해야 할 것이다”고 촉구했다. 

이에 대해 시행사측은 운영사와의 계약협상을 진행 중이며, 여러 가지 대안에 대해 면밀히 검토할 예정임을 밝혔다.